神经内科主要是治疗内科方面的疾病，以保守治疗神经类疾病为主，包括脑血管疾病、神经系统病变、代谢性疾病、遗传疾病、周围神经病变、偏头痛、脑部炎症性病变、重症肌无力、癫痫、痴呆等等。

而神经外科主要是通过手术治疗神经类疾病，比如脑部肿瘤、外伤等等。有些疾病既可以到内科治疗，也可以到外科治疗，比如高血压引起的脑出血，出血量较小时可以就诊于神经内科，出血量大的话则看神经外科。